l2tool + photoshop (с плагином от Nvidia для поддержки DirectDraw Surface) + fileedit.
Через Fileedit смотришь какая иконка назначена на скилл (ищешь в skillgrp.dat по ID, самая первая колонка), через l2tool находишь и выгружаешь, через photoshop редактируешь выгруженную иконку. Далее через тот же l2tool заменяешь старую иконку на новую.
Главное сохранить в тот формат DDS, в котором картинка была изначально. В противном случае l2tool просто не даст её заменить. Для иконок, если не ошибаюсь, это DXT1, без альфы.